Когда в 2010 году глава правительства Владимир Путин назначил Гафурова ректором Казанского федерального университета, созданного на базе КГУ, татарстанские СМИ писали, что это чуждый академической среде человек. Однако это не так — у Гафурова уже был опыт работы в высшем образовании. После окончания факультета физики КГУ в 1983 году, Гафуров на протяжении двух лет работал ассистентом кафедры общей физики в Елабужском государственном педагогическом институте. Затем он перешел в КГУ и до 1988 года был аспирантом кафедры молекулярной физики, однако потом вернулся в ЕГПИ и стал сначала ассистентом, а затем старшим преподавателем кафедры общей физики. В 1989 году Гафуров получил степень кандидата физико-математических наук.
Именно на этой базе отдыха встречались «для решения вопросов» члены «29 комплекса» — одной из самых крупных ОПГ в России 90–00-х годов. В Набережных Челнах группировка контролировала рынок интимных услуг, наркоторговцев, продажу автозапчастей, обмен валюты, автомобильные парковки, ночные клубы и все виды рыночной торговли, действовали филиалы в Москве и Одессе. «Двадцатьдевятники» внедрились и в систему сбыта автозавода «КАМАЗ».
Назначение совпало с реорганизацией университета. В 2009 году президент Дмитрий Медведев подписал указ о создании федеральных университетов в федеральных округах, и в апреле 2010-го КГУ был переименован в Казанский федеральный университет.
Под руководством Гафурова университет начал поглощение других вузов Татарстана — в него, в частности, вошли Татарский государственный гуманитарно-педагогический университет, Елабужский государственный педагогический институт и Казанский государственный финансово-экономический институт.
Слияния многие восприняли болезненно. Как писали «Татпресса» и 116.ру, преподаватели и студенты выходили на пикеты против объединения институтов русской и татарской филологии. Русские филологи были возмущены тем, что им придется заканчивать институт, в названии которого есть слово «татарский».